戦国時代、伊賀・甲賀は中央権力に従わない独自の自治体制を築いていました。この時代こそ、忍者文化が最も色濃く花開いた時期です。
戦国時代初期：自治体制の確立
応仁の乱（1467年）以降、室町幕府の権威が弱まると、伊賀・甲賀の地侍たちは独自の自治組織を形成していきました。
伊賀惣国一揆
伊賀では複数の地侍が連合し、「伊賀惣国一揆」と呼ばれる自治組織を確立しました。掟書（おきてがき）と呼ばれる規約のもとで、地域の秩序を自律的に維持していました。
→ 伊賀惣国一揆とは
甲賀五十三家
甲賀では53の家系が連合体制を組み、「甲賀五十三家」として知られる自治組織を形成しました。近江の守護・六角氏との関係を保ちながらも、独自の自治を維持していました。
→ 甲賀五十三家とは
戦国大名との関係
伊賀・甲賀の地侍たちは、その軍事的・諜報的能力を周辺の戦国大名に重用されました。傭兵的に各地の戦に参加し、情報収集・撹乱活動などを担ったとされています。
六角氏・北畠氏など近隣の大名との関係を保ちながら、独立性を維持し続けたのがこの時代の伊賀・甲賀の特徴です。
終焉：天正伊賀の乱
戦国時代後期、天下統一を進める織田信長にとって、自治を維持する伊賀の存在は障害となりました。天正7年（1579年）・天正9年（1581年）の二度にわたる伊賀侵攻により、伊賀の自治体制は崩壊しました。
一方、甲賀は伊賀よりも織田・豊臣政権との関係をうまく調整し、組織としての解体は伊賀より緩やかに進んだと考えられています。
戦国時代から江戸時代へ
天正伊賀の乱で離散した伊賀者の多くは、各地の大名に仕える道を選びました。特に徳川家康との縁（神君伊賀越え）を得た伊賀者は、江戸幕府の組織に組み込まれていきます。
甲賀者もまた、徳川家や近江の諸大名に仕える形で、戦国の忍者から江戸時代の武士へと姿を変えていきました。
戦国時代の甲伊一国を学べるスポット
伊賀流忍者博物館・甲賀流リアル忍者館では、戦国時代の伊賀・甲賀の歴史について詳しい解説を見ることができます。
